Theo quy định, tại khoản 3, Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế: Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ XK nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa NK để XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan...

Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Thái Bình (Cục Hải quan Hải Phòng). Ảnh: T.Bình

Khoản 2, Điều 1 Nghị định 146/2017/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 100/2016/NĐ-CP và Nghị định12/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định: Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ XK bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa NK sau đó XK vào khu phi thuế quan; hàng hóa NK sau đó XK ra nước ngoài, có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý.

Trường hợp trong tháng, quý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ XK, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ XK còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ XK, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ XK trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế GTGT tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT đối với trường hợp hàng hóa NK sau đó XK mà hàng hóa XK đó không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan; hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan.

Cũng tại khoản 1, Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định 209/2013/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT: “Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh”.

Đối chiếu với quy định hiện hành, Tổng cục Hải quan đề nghị DN căn cứ các quy định nêu trên để xác định trường hợp hoàn thuế GTGT cho hàng hóa thực tế NK đã XK. Đồng thời, DN liên hệ với cơ quan Thuế để được hướng dẫn, thực hiện hoàn thuế GTGT theo quy định.