Chính phủ cho rằng trong điều kiện hiện nay mức đầu tư tối thiểu 2% tổng chi ngân sách hàng năm cho khoa học - công nghệ (KH&CN) là hợp lý,độngtốiđanguồnlựcxhộiđầutưchophttriểnkhoahọbxh hàn quốc 2 phù hợp với khả năng tài chính của Nhà nước. Nhiệm vụ đặt ra trong thời gian tới là huy động tối đa nguồn đầu tư ngoài ngân sách nhà nước (chủ yếu là từ doanh nghiệp) cho phát triển KH&CN.

Từ năm 2000, Quốc hội đã quyết định dành 2% tổng chi ngân sách Nhà nước hàng năm cho KH&CN (bao gồm ngân sách sự nghiệp khoa học và ngân sách đầu tư phát triển). Tuy nhiên, Bộ KH&CN cho rằng, mức đầu tư 2% tổng chi ngân sách Nhà nước hàng năm là quá thấp, chưa tương xứng với vai trò quốc sách hàng đầu của sự phát triển KH&CN, không đáp ứng yêu cầu KH&CN là động lực then chốt cho phát triển nhanh và bền vững đất nước.

Thêm nữa, Bộ KH&CN là cơ quan chịu trách nhiệm trước Quốc hội và Chính phủ về việc sử dụng có hiệu quả 2% tổng chi ngân sách dành cho KH&CN, nhưng lại chưa có vai trò tương xứng trong quá trình phân bổ phần kinh phí đầu tư phát triển (ngân sách đầu tư phát triển KH&CN chiếm 40 - 44% ngân sách KH&CN hàng năm). Cho đến nay phần kinh phí này vẫn do Bộ Kế hoạch và Đầu tư thực hiện, dẫn đến chỗ Bộ KH&CN không thể kiểm tra, giám sát được tình hình sử dụng nguồn ngân sách này và không làm rõ được trách nhiệm về hiệu quả đầu tư, nhất là trong lúc chế độ báo cáo và thống kê không được thực hiện nghiêm túc.