Quy chế cũng nêu rõ các hành vi vi phạm hoặc vi phạm pháp luật khác khi thi hành công vụ của công chức, viên chức Hải quan thì bị xem xét xử lý gồm:

1. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực chấp hành kỷ cương, kỷ luật; công tác lãnh đạo, quản lý, điều hành và công tác tổ chức cán bộ.

2. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Giám sát quản lý về hải quan.

3. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Thuế xuất nhập khẩu.

4. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm soát hải quan và Điều tra chống buôn lậu.

5. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Thanh tra - Kiểm tra.

6. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm tra sau thông quan.

7. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Quản lý rủi ro.

8. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm định Hải quan.

9. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Công nghệ thông tin.

10. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Văn phòng.

11. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Tài vụ quản trị.

12. Hành vi vi phạm pháp luật trong thi hành pháp luật về xử lý vi phạm hành chính và trong lĩnh vực hệ thống thông tin quản lý vi phạm hải quan.