Hiện nay, công tác phối hợp thu với các ngân hàng thương mại tiếp tục được đẩy mạnh trên phạm vi toàn quốc. Đến nay, đã triển khai phối hợp thu NSNN với 23 hệ thống ngân hàng thương mại cổ phần tại 63 KBNN tỉnh, thành phố, 768 đơn vị KBNN quận, huyện và Sở Giao dịch KBNN.
Mục tiêu của KBNN là tiếp tục tăng cường phối hợp để đẩy mạnh công tác phối hợp thu NSNN giữa các đơn vị trong ngành Tài chính với các ngân hàng thương mại nhằm tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho người nộp thuế; đa dạng hóa các hình thức thu nộp NSNN (qua Internet, ATM, POS,…); tiếp tục triển khai việc mở và sử dụng tài khoản chuyên thu theo quy định tại Thông tư số 85/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn quy trình tổ chức phối hợp thu ngân sách nhà nước giữa Kho bạc Nhà nước - Tổng cục Thuế - Tổng cục Hải quan và Ngân hàng thương mại để tạo thêm thuận lợi cho người nộp NSNN và hạn chế thanh toán bằng tiền mặt.