Trụ sở Tổng cục Hải quan.

Quy định về vị trí và chức năng của Tổng cục Hải quan, Quyết định 65 nêu rõ: Tổng cục Hải quan là tổ chức trực thuộc Bộ Tài chính, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật về hải quan trong phạm vi cả nước.

Quy định về nhiệm vụ và quyền hạn của Tổng cục Hải quan, Quyết định 65 quy định 15 nhiệm vụ và quyền hạn. Bên cạnh các nhiệm vụ và quyền hạn đã giao tại Quyết định 02/2010/QĐ-TTg, Quyết định mới chỉnh sửa và bổ sung một số nhiệm vụ như: Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính để trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định: Các dự án luật, dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Quốc hội,dự thảo Nghị quyết của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội; dự thảo Nghị quyết, nghị định của Chính phủ; dự thảo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về hải quan; Chiến lược, quy hoạch, chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình hành động, đề án, dự án quan trọng về hải quan; Dự toán thu thuế xuất nhập khẩu hàng năm theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước;

Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính xem xét, quyết định: Dự thảo thông tư, quyết định, chỉ thị và các văn bản khác về hải quan; Kế hoạch hoạt động hàng năm của ngành Hải quan; Danh mục hàng hóa XNK Việt Nam theo quy định của Luật Hải quan.

Về Cơ cấu tổ chức của ngành Hải quan, Quyết định 65 quy định cụ thể cơ quan Tổng cục Hải quan ở Trung ương bao gồm: Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Thanh tra- kiểm tra; Cục Tài vụ - Quản trị; Văn phòng (có đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh); Cục Giám sát quản lý về hải quan; Cục Thuế xuất nhập khẩu; Cục Điều tra chống buôn lậu; Cục Kiểm tra sau thông quan; Cục Quản lý rủi ro; Cục Kiểm định hải quan; Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan; Viện Nghiên cứu Hải quan; Trường Hải quan Việt Nam; Báo Hải quan.

Các cơ quan Hải quan ở địa phương gồm: 34 Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thuộc Tổng cục Hải quan như hiện hành. Các chi cục Hải quan, đội Kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương thuộc Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Việc thành lập, sáp nhập, giải thể các chi cục hải quan, đội kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định. Bộ trưởng Bộ Tài chính cũng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan.

Quy định về lãnh đạo Tổng cục Hải quan, Quyết định 65 quy định bao gồm: Tổng cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng cục trưởng (tăng thêm 1 Phó Tổng cục trưởng so với Quyết định 02). Tổng cục trưởng và các Phó Tổng cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức theo quy định của pháp luật. Tổng cục trưởng là người đứng đầu Tổng cục Hải quan, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Tài chính và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Tổng cục Hải quan. Phó Tổng cục trưởng chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực được phân công.

Quyết định 65 cũng quy định, số lượng Phó Tổng cục trưởng của Tổng cục Hải quan được thực hiện theo quy định hiện hành của Thủ tướng Chính phủ cho đến khi Thủ tướng Chính phủ có quyết định khác.