Để đến năm 2020 đạt được mục tiêu 15.000 HTX,óHTXnôngnghiệphoạtđộnghiệuquảđếnnăleague 1 pháp liên hiệp HTX nông nghiệp có hiệu quả, Đề án đặt mục tiêu cần phải tập trung thực hiện duy trì, củng cố, nâng cao hiệu quả hoạt động của khoảng 4.400 HTX nông nghiệp đã được phân loại và đánh giá là có hiệu quả năm 2017; thực hiện việc đẩy mạnh ứng dụng công nghệ cao để có trên 1.500 HTX ứng dụng công nghệ cao trong lĩnh vực nông nghiệp.
Đề án cũng đặt ra nhiệm vụ phải nâng cao chất lượng hoạt động của các HTX nông nghiệp yếu, kém để phấn đấu có trên 5.400 HTX nông nghiệp hoạt động hiệu quả (trong tổng số hơn 6.400 HTX nông nghiệp yếu kém hiện nay) và thành lập mới và tạo điều kiện cho 5.200 HTX nông nghiệp hoạt động có hiệu quả.
Cùng với đó, Đề án sẽ tiến hành duy trì, củng cố và nâng cao hiệu quả hoạt động của các HTX nông nghiệp đã được đánh giá là có hiệu quả; xử lý dứt điểm việc giải thể, chuyển đổi sang loại hình khác đối với các HTX đã ngừng hoạt động. Năm 2018, giải thể xong các HTX đã ngừng hoạt động.
Đề án cũng đề ra việc lựa chọn các ngành hàng chủ lực của quốc gia và địa phương để thúc đẩy việc thành lập HTX chuyên ngành nhằm tổ chức lại sản xuất trong từng ngành hàng.