Cụ thể, thông tư bổ sung khoản 3 Điều 3 Thông tư số 261/2016/TT-BTC như sau: phương tiện thủy nội địa (trừ phương tiện mang cấp đăng kiểm VR-SB có tổng dung tích từ 500 GT trở lên) hoạt động vận tải nội địa; phương tiện thủy nội địa hoạt động vận tải trên các tuyến đường thủy theo Hiệp định giữa Việt Nam và Campuchia về vận tải đường thủy khi vào, rời khu vực hàng hải thực hiện nộp phí, lệ phí theo quy định tại Thông tư số 248/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Phương tiện hoạt động trên tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo nộp phí, lệ phí theo quy định tại chương III thông tư này.
Ngoài ra, thông tư đã sửa đổi, bổ sung một số điểm, khoản của Điều 7 Thông tư số 261/2016/TT-BTC, như sau: Tàu thuyền chuyển tải dầu tại Vịnh Vân Phong - Khánh Hòa áp dụng mức thu như sau: từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành đến hết ngày 31/12/2021, bằng 50% mức thu phí quy định tại khoản 1 Điều này. Từ ngày 1/1/2022 đến hết ngày 31/12/2023, bằng 80% mức thu phí quy định tại khoản 1 Điều này. Từ ngày 1/1/2024 trở đi, bằng mức thu phí quy định tại khoản 1 Điều này.
Thông tư cũng quy định mức thu đối với tàu thuyền chở container xuất, nhập khẩu, trung chuyển vào, rời các bến cảng trên sông Cái Mép - Thị Vải có tổng dung tích từ 50.000 GT trở lên. Đồng thời quy định cụ thể miễn phí bảo đảm hàng hải đối với tàu, thuyền trong một số trường hợp.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 12/10/2021./.
Minh Anh