Tại Quyết định 3934/QĐ-TCHQ,ànhlậpthêmĐộithủtụcởHảiquanBắcúp quốc gia iran Tổng cục Hải quan thành lập Đội Thủ tục hải quan KCN Sông Công thuộc Chi cục Hải quan Thái Nguyên (Cục Hải quan Bắc Ninh); tại Quyết định 3935/QĐ-TCHQ, Tổng cục Hải quan thành lập Đội Thủ tục hải quan KCN VSIP thuộc Chi cục Hải quan cảng nội địa (ICD) Tiên Sơn (Cục Hải quan Bắc Ninh).
Cục Hải quan Bắc Ninh được thành lập năm 2012, có 4 Chi cục trực thuộc gồm: Chi cục Hải quan Bắc Ninh; Chi cục Hải quan ICD Tiên Sơn; Chi cục Hải quan quản lí KCN Bắc Giang; Chi cục Hải quan Thái Nguyên, thực hiện chức năng quản lí Nhà nước về hải quan tại 3 tỉnh, gồm: Bắc Ninh, Bắc Giang và Thái Nguyên.