Theo Tổng cục Thuế, tính đến hết tháng 9-2016, tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là hơn 9.230 tỷ đồng, số tiền thuế nộp vào ngân sách là 4.818,1 tỷ đồng.
Trong đó: số DN được thanh tra là 5.004 DN với tổng số tiền truy thu, truy hoàn, phạt từ hoạt động này là hơn 4.006 tỷ đồng (từ đó đã nộp ngân sách hơn 1.842 tỷ đồng); số DN được thanh tra là 50.709 DN với tổng số truy thu, truy hoàn, phạt là 4.914 tỷ đồng (từ đó đã nộp ngân sách hơn 2.666 tỷ đồng).
Ngoài ra, công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan Thuế được 673.421 hồ sơ. Qua đó xử lý điều chỉnh thu vào ngân sách 309,57 tỷ đồng. Qua kiểm tra rà soát các hồ sơ khai thuế tại cơ quan Thuế đã phát hiện những sai sót, ẩn lậu của người nộp thuế để điều chỉnh tăng số thuế kê khai hoặc ấn định thuế.
Thống kê của Tổng cục Thuế cũng cho thấy, đối với 13 tỉnh điều tiết ngân sách Trung ương, 9 tháng năm 2016 đã thực hiện thanh tra, kiểm tra được 36.817 DN. Tổng số tiền thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là hơn 7.314 tỷ đồng với số thuế đã nộp ngân sách là hơn 3.940 tỷ đồng.