Trong suốt quá trình thực hiện cải cách từ những năm 1990,ữngtháchthứclớntronglĩnhvựckhoahọccôngnghệvàđổimớisángtạtỷ lệ kèo pro Việt Nam đã nỗ lực rất nhiều để chuyển đổi hệ thống đổi mới sáng tạo và tìm kiếm con đường cho tăng trưởng và phát triển bền vững. Theo xu hướng này, Chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam giai đoạn 2011-2020 đã nhấn mạnh tầm quan trọng của đổi mới sáng tạo và Khoa học và công nghệ, đặc biệt được thúc đẩy bởi quá trình công nghiệp hóa.

Sau một thập kỷ thực hiện Chiến lược, các chỉ tiêu đầu vào của hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D) như số lượng các bài báo khoa học và số bằng sáng chế đã cải thiện. Mặc dù không thể phủ nhận những nỗ lực lớn của các Bộ, ngành và các cơ quan có liên quan, tuy nhiên, các chỉ tiêu đầu vào và chỉ tiêu đầu ra liên quan đến hoạt động nghiên cứu và phát triển dường như có tác động rất ít tới cải thiện năng suất và nâng cao năng lực đổi mới sáng tạo của Việt Nam. Đánh giá quá trình thực hiện chiến lược vẫn chưa như kỳ vọng và mục tiêu đặt ra.

Kế hoạch 5 năm giai đoạn 2016 - 2020 đã chỉ ra một số hạn chế về năng lực khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo của Việt Nam (Quốc hội, 2016). Cụ thể:

Khoa học và công nghệ (KH&CN) vẫn chưa thực sự là động lực cải thiện năng suất và năng lực cạnh tranh để thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội. Thiếu một giải pháp đủ khả thi để khuyến khích các doanh nghiệp và đầu tư tư nhân vào hoạt động nghiên cứu, đổi mới, ứng dụng khoa học, công nghệ.

Cải cách cơ chế quản lý KH&CN - đặc biệt là về tài chính, tự chủ, tự chịu trách nhiệm và sử dụng nhân tài - tiến triển chậm. Chi tiêu ngân sách phân tán và không hiệu quả.

Năng lực của các nhà khoa học còn hạn chế, thiếu những nhà khoa học hàng đầu; số lượng bằng sáng chế và số lượng tác phẩm được công bố trên các tạp chí quốc tế có danh tiếng bị hạn chế.